По словам адвоката Лебедева Константина Ривкина, министерство, в котором работал Греф, осуществляло контроль за принадлежащими государству акциями. Его имя неоднократно упоминалось в связи с некоторыми деяниями, инкриминируемыми подсудимым.
Сам Михаил Ходорковский неоднократно отмечал, что он лично обсуждал с Грефом вопрос продажи акций Восточной нефтяной компании (ВНК). Если он подтвердит эти показания, обвинения в обмене акций по неадекватной цене могут быть сняты.