Леонид Коротков 10 мая 2007 года был отстранен от должностных обязанностей указом президента России Владимира Путина в связи с утратой доверия. Вскоре следствие предъявило ему обвинение по статье 286 УК РФ (превышение должностных полномочий), предусматривающей до семи лет лишения свободы.

 

Короткову вменялось в вину три эпизода превышения должностных полномочий. В частности, следствие пыталось доказать, что в результате его действий в 2003-2006 годах на территории Амурской области был увеличен среднеотпускной тариф на электрическую и тепловую энергию для потребителей, а полученные о повышения тарифов средства были направлены на содержание местого футбольного клуба "Амур". Кроме того, сомнения вызвал контракт на поставку дорожной техники - её цена, по предположениям следователей, превысила реальную на 3 миллиона рублей. Прокуратура требовала приговорить Короткова к трём годам лишения свободы, лишить права занимать государственные должности и оштрафовать на 400 тысяч рублей.