«По делу Ходорковского я уже много раз высказывался. О том, что есть закон. Плохой он или хороший, мы обязаны его уважать», — заявил Прохоров в ответ на вопрос, почему Ходорковского посадили, как только он попытался вмешаться в политику, а Прохорову позволили. Он считает, что его случай Ходорковского и его «несравнимы». «Я публично ушел из бизнеса и возглавил политическую партию. Я это сделал в рамках российских законов. И при этом ничего запрещенного я не делаю. Мне кажется, если бы Михаил Борисович таким образом поступил, результаты были бы другие. Нельзя заниматься политикой, находясь на должности руководителя крупной компании».

Отвечая на вопрос, поставленный редакцией «Газеты.Ru» по поводу «дела ЮКОСа», Прохоров отметил «большое количество процессуальных нарушений» во втором процессе над Ходорковским и Лебедевым. Он также добавил, что «у нас томится в тюрьмах огромное количество бизнесменов, которые были посажены по заказным делам, в рамках передела бизнеса». Однако он не сказал, будет ли «Правое дело» добиваться амнистии или реабилитации фигурантов «дела ЮКОСа».