Комиссия Роскосмоса сопоставила дату старта «Фобос-Грунта» и сильную вспышку на Солнце, произошедшую за несколько дней до того. Выброшенная в результате вспышки корональная масса вызвала серию магнитных бурь. Источником заряженных частиц, выведших из строя вычислительный комплекс станции, могли стать радиационные пояса в околоземном пространстве.

Однако ряд экспертов полагает, что причиной крушения стали ошибки в программировании:

«С одной стороны, бортовой вычислительный комплекс космического аппарата ничего не мог сделать в такой ситуации сам и ждал инструкций с Земли, а с другой — передача на борт этих инструкций на низкой околоземной орбите вообще не была предусмотрена», — сообщил Газете.Ru анонимный источник в Роскосмосе.

По его мнению, «ссылки на тяжелую заряженную частицу выглядят нелепо».

Глава Роскосмоса Владимир Поповкин признал, что при создании станции были использованы некондиционные микросхемы.