В числе неэффективных оказались Государственный университет управления (ГУУ), Литературный институт им А.М. Горького, Российский государственный социальный университет (РГСУ), Московский педагогический государственный университет (МПГУ), Московский архитектурный университет (МАРХИ), Московский государственный Открытый университет, Московский государственный технический университет, МАМИ, Московский государственный университет дизайна и технологии, Российский государственный торгово-экономический университет, Санкт-Петербургская государственная академия театрального искусства, Санкт-Петербургский государственный университет кино и телевидения, Санкт-Петербургский государственный архитектурно-строительный университет и другие.

В ряде регионов, например в Чеченской Республике, все вузы признаны неэффективными. В Ингушетии единственный вуз (Ингушский государственный университет) и единственный филиал (филиал ФГБОУ «Пятигорский государственный гуманитарно-технологический университет» в Назрани), а в Дагестане — 4 вуза из 5 и 14 филиалов из 29 оказались неэффективными.

Минобрнауки оценивало их деятельность по пяти параметрам: средний балл ЕГЭ; количество научных работ на одного научного сотрудника; процент выпускников-иностранцев; доходы вуза в расчете на одного научного сотрудника; инфраструктура.