В мае 2012 года агентство объявило конкурс на право пользования недрами с целью геологического изучения, разведки и добычи нефрита на участке Баунтовский в Республике Бурятия. Претенденты в Роснедра направили заявочные материалы, предоставлявшие право на участие в конкурсе. Однако материалы вместе с технико-экономическими предложениями по освоению участка недр работниками агентства были утрачены.

В этой связи Генеральная прокуратура Российской Федерации направила материалы проверки в МВД России для решения вопроса об уголовном преследовании виновных лиц. По результатам возбуждено уголовное дело по части 1 статьи 325 УК РФ («Похищение, уничтожение, повреждение или сокрытие официальных документов, совершенные из корыстной или иной личной заинтересованности»).