По версии следствия, Лысенко с целью физического устранения возможных конкурентов при осуществлении  предпринимательской, а в последующем политической деятельности в 1998 г. совместно с криминальным авторитетом Нефедовым (в июле 2012 г. осужден на длительный срок) организовал устойчивую вооруженную группу. Банда действовала на территории Саратовской области более 10 лет.

Кроме того, в 2007 г. Лысенко получил взятку в сумме свыше 92 млн руб. за оказание содействия представителям коммерческой организации в выделении необходимого им земельного участка, являющегося муниципальной собственностью. Незаконное вознаграждение предназначалось для строительства здания торгового центра (Лазурный) в городе Энгельсе, а также за оказание общего покровительства при согласовании с административными и муниципальными органами вопросов, связанных с осуществлением строительства.  

Арестована часть принадлежащих бывшему главе района средств, полученных незаконным путем, в сумме более 1 млн долларов США, 42 золотых слитка, движимое и недвижимое имущество (плавучая дача, автомобиль премиум-класса и коттедж в элитном районе Энгельса и др.) на общую сумму более 40 млн рублей. При этом ежемесячная заработная плата Лысенко составляла не более 90 тысяч рублей.

Однако большую часть денежных средств, используемых им в своих интересах через доверенных ему лиц, установить не удалось, сообщает «Коммерсантъ».

Уголовное дело направлено 19 марта в суд для рассмотрения по существу.