Фонд утверждает, что со стороны газеты неоднократно звучали угрозы в адрес организации и ее руководителя Владимира Киселева. В частности, так представители фонда расценили фразы из статей «Путина обокрали» и «Божественные истцы», передает Lenta.ru.
В статье «Путина обокрали», опубликованной в марте 2011 года, речь шла об организованном фондом благотворительном концерте в помощь детям с онкологическими заболеваниями. В статье журналист Александр Минкин написал, что организаторы концерта подорвали престиж премьер-министра страны, и отмечал, что у Владимира Путина «репутация человека, с которым шутки плохи, очень плохи». В связи с этим журналист заявлял, что у ответственных за исчезновение собранных от имени президента денег будут серьезные неприятности. Эта мысль и завершалась фразой «у Литвиненко было больше шансов после чая с полонием, чем у этих уродов», вызвавшей недовольство фонда.
Вторая спорная статья посвящена судебному разбирательству «МК» с «Федерацией». В ней рассказывалось об исках, поданных к газете фондом и Киселевым, и давалась оценка заключению лингвиста, представленному в суд истцами. Расцененная «Федерацией» как угроза фраза «Еще не все участники событий умерли, поэтому судебные тяжбы продолжаются» была использована во вступлении к статье и напрямую с ее текстом не связана.