Михаил Ходорковский рассказал в своей переписке с Борисом Акуниным о причинах и обстоятельствах дела «ЮКОСа». По мнению экс-главы компании, в 2003 году, на фоне грядущих президентских выборов, в Кремле обострилось противостояние двух группировок, условно названных Ходорковским «силовиками» и «либералами». Тогда он выступил перед президентом страны Владимиром Путиным на совещании, на котором обсуждалась коррупция: «…вопрос о коррупции было решено поставить у президента. Тему поддержали Волошин и, будете удивлены, Медведев, который, будучи тогда заместителем главы администрации президента, готовил совещание с Союзом промышленников и предпринимателей. ... Совещание получилось громкое. Это было 19 февраля 2003 года. Я тогда говорил о гигантском коррупционном рынке в стране — 30 млрд. долларов, то есть 10 процентов ВВП», — пишет Ходорковский.
    Его поддержали многие политики, против же были заместитель главы администрации президента Игорь Сечин и «куча чиновников второго эшелона». Кроме того, к поддерживающим «либералам» экс-глава «ЮКОСа» отнес Касьянова, Чубайса, Илларионова, Дворковича и даже Грефа, однако последнего лишь до определенного момента.
    Само совещание Ходорковский описывает так: «Я с открытыми глазами поднялся «из окопа» тогда, на февральском совещании у президента. Летом еще не было очевидно, что мы проиграем, но то, что кризис близко, и то, что барьеров у наших оппонентов нет, было понятно».
    Уже к октябрю, как пишет именитый заключенный, стало понятно, что противостояние «либералы» проиграли, что компании его лишат и посадят в тюрьму, однако он даже не догадывался, как все закончится:  «Масштабы и формы мести наших оппонентов нами, конечно, недооценивались. Никто не думал, что будет разрушена компания, что полностью подавят судебную систему, что заткнут независимые СМИ. Все это было довольно трудно себе представить», — рассказывает Ходорковский. Перед арестом он успел съездить за границу, попрощаться со своими друзьями. Многие его отговаривали возвращаться в Россию, но Ходорковский все же вернулся, хотя сейчас отчасти об этом сожалеет.
    Много места в интервью уделено и описанию самого судебного процесса. По словам бизнесмена, из более чем полутора тысяч свидетелей прокуроры выбрали 80, но даже они не пошли против совести. «Эти люди, которые вполне обоснованно опасались за свою судьбу, не взяли грех на душу. Никто, я подчеркиваю, никто не дал показания против нас с Платоном, — пишет Ходорковский, — Да, сволочей еще хватает, но настоящих граждан уже больше, и идет дальнейший процесс превращения толпы в сообщество граждан. Величайшая ошибка Путина в том, что он, вольно или невольно, притормозил этот процесс, процесс становления гражданского общества. Сейчас есть надежды на возобновление этого процесса, что делает меня счастливым. Может, мои слова и глупо звучат».
    Судей же на том процессе он назвал «жалкими людьми, которым будет страшно умирать  в старости», ведь, уверен экс-глава «ЮКОСа», это дело войдет в историю. Только в начале суда он «наивно полагал», что невиновного человека посадить не смогут, поскольку доказательств нет.
    Кроме того, в интервью Михаил Ходорковский высказал свое мнение  и о современно либеральном движении в России. «Я абсолютно не согласен с призывами к либеральной демократической общественности не сотрудничать с властью. Это путь слабых. Путь сильных — на любом месте отстаивать демократические ценности".