К конфликтной ситуации привели нелицеприятные высказывания главы региона в прессе. В начале июня в газете «Московский комсомолец» было опубликовано интервью Рахимова, в котором он жестко раскритиковал действующую политическую систему за излишне централизованную региональную политику федеральных властей. По словам президента Башкирии, «ему стыдно смотреть на Госдуму, где царствует «Единая Россия». Он считает необходимым провести срочную модернизацию партийной системы, пока страна окончательно не скатилась во времена СССР. Муртаза Рахимов поделился мнением о том, что «Единой Россией» пытаются руководить люди, «которые и тремя курицами не командовали». На его взгляд, очень плохо, что в России все контролирует одна партия — их должно быть минимум две, как в Англии и Америке.
После этого выступления эксперты принялись с новой силой обсуждать уже давно ходившие слухи о скорой отставке президента — патриарха «ельцинского призыва». В партии резче всего на заявления г-на Рахимова отреагировал заместитель секретаря генерального совета «Единой России» Андрей Исаев. Он предложил за нанесенные единороссам оскорбления лишить главу Башкирии партбилета. Но за бессменного губернатора заступилось башкирское отделение партии, фактически созданное Муртазой Рахимовым: оно выступило со встречной инициативой исключить из партии самого Исаева.
В свою очередь председатель высшего совета «Единой России» Борис Грызлов также пообещал разобраться с Муртазой Рахимовым, но без крайностей. «Никаких, скажем так, скоропалительных выводов, тем более касающихся исключения из партии, безусловно, не последует. Но выяснить отношения, безусловно, придется», — сказал Грызлов.
Но куратор партстроительства в России Владислав Сурков решил разрулить конфликт лично и поехал в Уфу. По словам Суркова, его общение с Рахимовым носило конструктивный характер. «Мы в очередной раз встретились с одним из самых авторитетных руководителей субъектов федерации, членом высшего совета «Единой России», стоявшим у истоков создания партии. Обсудили текущие вопросы и еще раз убедились, что мы единомышленники», — сказал Владислав Сурков по итогам встречи. В свою очередь Муртаза Рахимов не скрывал удовлетворения от итогов встречи: «Мы обсудили все текущие вопросы, и, как всегда, между нами имеется полное взаимопонимание. У нас очень хорошие уважительные отношения с федеральным центром. Мы всегда поддерживали и поддерживаем президента Дмитрия Медведева и премьера, председателя партии «Единая Россия» Владимира Путина».
Президент Башкирии официально заявил, что не собирается уходить до истечения срока полномочий, которые заканчиваются в 2011 году. Ранее он заявлял, что не собирается и оставаться в должности по истечении этого срока.
По словам советника башкирского президента Сергея Лаврентьева, никаких профилактических бесед с президентом Рахимовым не велось. И он не собирается менять риторику. «Он стоит у истоков «Единой России», и, по признанию Суркова, является одним из лучших региональных руководителей. Поэтому может позволить себе конструктивную критику», — прокомментировал визит Суркова Лаврентьев и отметил, что в Уфе были очень удивлены резонансом, вызванным интервью Рахимова.