Вскоре после этого у Исмаилова появились проблемы. Сначала глава Следственного комитета Александр Бастрыкин назвал Черкизовский рынок «государством в государстве». Потом стало известно о контрабандных товарах, а в правоохранительных органах дали понять, что без милицейской коррупции не обошлось. Впрочем, все это было известно и раньше, но у всех на слуху оказалось, только когда за «Черкизон» взялись власти.

Сам Исмаилов заявляет, что ни в чем не виноват, однако, по некоторым сведениям, он бежал в Турцию, а не просто открыл там шикарный отель. Зарубежные (и не только) журналисты отмечают, что ведение такого бизнеса, как Черкизовский рынок, немыслимо без высоких покровителей, и напоминают, что на открытии турецкого отеля Исмаилова присутствовали Юрий Лужков и Елена Батурина.