По версии следствия, Никифоров заснул за рулем своего автомобиля «Форд Фокус», следуя из Москвы в сторону Ярославля. Таким образом он выехал на встречную полосу, где и столкнулся лоб в лоб с «мерседесом» губернатора Виктора Шуршанова. В результате аварии глава Костромской области и его водитель Владимир Цветков скончались на месте от полученных травм, а Никифоров, получив тяжелые травмы, выжил.

Суд согласился с доводами прокурора и признал Никифорова виновником ДТП. Однако, по мнению многих наблюдателей, версия обвинения выглядела недоработанной. В частности, сотрудник МЧС Николай Жуков в суде заявил, что авария выглядела так, будто удар в машину губернатора был сбоку, а не в лоб.

Обстоятельства аварии можно было бы уточнить по повреждениям автомобилей. Однако вскоре после произошедшего сотрудники ГИБДД отогнали их на стоянку, местоположение которой до сих пор не разглашается.

Друг подсудимого Дмитрий Прохоров утверждает, что Никифоров ехал в то время не в сторону Ярославля, а наоборот, в Москву, по делам фирмы, то есть в ту же сторону, что и машина Шуршанова. Кроме того, об этом якобы ему сообщил сам Никифоров по телефону вскоре после аварии. Впоследствии из-за травм головы он частично потерял память и сейчас не может вспомнить всех обстоятельств.

Адвокат подсудимого Андрей Карпов в суде потребовал освободить его клиента, поскольку считает обвинение бездоказательным и основанным на ложных фактах.